Eredeti nevén Alfons Popiełuszko (a Jerzy nevet 1971-ben vette fel) egyszerű földműves szülők harmadik gyermekeként született 1947. szeptember 14-én az északkelet- lengyelországi Okopy faluban. Édesanyja visszaemlékezése szerint a kis Alfons Popiełuszko jószívű és barátságos gyerek volt, aki szívesen beszélgetett mindenkivel. Tanárai és társai is nyitott, segítőkész fiúként őrizték meg emlékét. A humán tárgyak iránt érdeklődött, leginkább azonban az erkölcsi és filozófiai kérdések foglalkoztatták. Nagy hatással volt rá Maximilian Kolbe; a minorita vértanú papot élete végéig példaképének tartotta.
Érettségi után jelentkezett a Varsói Papi Szemináriumba. 1972. május 28-án a varsói Keresztelő Szent János-székesegyházban szentelte pappá a millennium prímása, Stefan Wyszyński.
Popiełuszko atya papként is megőrizte vele született jóságát, mások iránti nyitottságát, segítőkészségét. Első szolgálati helye a Varsó melletti Ząbki volt. Már itt megmutatkozott az emberekkel, különösen a rászorulókkal vállalt szolidaritása.
1975-től különböző Varsó környéki és varsói plébániákon szolgált. Mindenütt azonnal megnyerte a híveket. Volt valami a személyiségében, ami ösztönösen vonzotta az embereket: szerénysége, szelídsége, természetes jósága. Népszerűsége ellenére megőrizte alázatát.
Külön fejezetet képez életében a munkások közötti lelkipásztori tevékenysége, amely végül vértanúságához vezetett. 1980 augusztusában a varsói acélművekben kirobbant sztrájk idején lett Wyszyński bíboros megbízásából a munkások lelkésze. Ettől kezdve aktívan részt vett a Szolidaritás szakszervezet tevékenységében. Katolikus papként úgy érezte, kötelessége tanúságot tenni az igazságról és kiállni az üldözöttek védelmében. Nem politikai célok vezették, és a tanúbizonyságok szerint nem volt benne gyűlölet vagy bosszúvágy senkivel szemben. Az 1981-es hadiállapot idején szenteste autóba ült, és elment, hogy lengyel szokás szerint ostyatöréssel fejezze ki jó kívánságait a város utcáira kirendelt katonáknak. A rend szigorú őrei – első meglepetésükből felocsúdva – sírva fakadtak örömükben, hogy valaki rájuk is gondolt.
1980 júniusától Jerzy atya a varsói Żoliborz kerület Kosztka Szent Szaniszló-templomának káplánja lett. Itt mutatta be minden hónap utolsó vasárnapján híres szentmiséit a hazáért, amelyek egyre nagyobb tömegeket vonzottak nemcsak Varsóból, de más lengyel településekről is. Prédikációiban bátran hirdette a társadalmi igazságosság, a szabadság, az igazság, a szeretet és az emberi jogok tiszteletben tartásának keresztény tanításra alapozott, de egyetemes emberi eszméit. „Ne engedd, hogy legyőzzön a rossz, inkább te győzd le a rosszat jóval” – Szent Pálnak ez a gondolata állt egész tanításának középpontjában.
Növekvő népszerűségével és a Szolidaritáson belül betöltött meghatározó szerepével Jerzy atya kiváltotta a kommunista vezetők gyűlöletét. Minden eszközzel próbálták elhallgattatni a karizmatikus papot, akiben veszélyes politikai ellenséget láttak. Jerzy atya tudatában volt a rá leselkedő veszélyeknek, és bár lehetősége lett volna elhagyni Lengyelországot, nem futamodott meg, bátran folytatta küldetését.
1984. október 19-én este Bydgoszczból tartott hazafelé, amikor autóját megállították a lengyel állambiztonsági szolgálat emberei. Kegyetlenül megkínzott és megkötözött testét a Visztulába dobták. Holttestét másfél héttel később találták meg, és a żoliborzi Kosztka Szent Szaniszló-templom kertjében temették el.
A bestiális módon meggyilkolt fiatal pap vértanúságának híre megrendítette az egész országot és a világ közvéleményét is. Sírja halála után azonnal zarándokhellyé vált. Személye és tanítása továbbra is nagy hatással volt az emberekre, és a kommunista rendszerrel való bátor szembenállás jelképévé vált.
A kommunizmus lengyel vértanúját, a hazánkban is nagy tisztelettel övezett Jerzy Popiełuszko atyát hivatalosan 2010. június 6-án avatta boldoggá az Egyház.